Standar Operasional Prosedur (SOP) atau Prosedur Tetap (Protap) adalah serangkaian instruksi tertulis yang dibakukan dan didokumentasikan dan aktivitas rutin dan berulang yang dilakukan oleh Suatu Organisasi. Dalam Standar Operasional Prosedur ini ditetapkan apa yang harus dilakukan, bagaimana, kapan, dimana dan Siapa yang melakukan setiap aktivitas.
Standar Operasional Prosedur (SOP) dibuat untuk menghindari terjadinya variasi dalam proses pelaksanaan kegiatan oleh pegawai yang akan menghambat kinerja organisasi secara keseluruhan.
Standar Operasional Prosedur (SOP) ini disusun dan dilaksanakan sesuai dengan Prosedur Kerja dan Administrasi Peradilan sehingga prosedur yang ditetapkan pada masing-masing bidang saling berkaitan bahkan berkaitan dengan Standar Operasional Prosedur (SOP) Pengadilan Tinggi Jayapura dan Standar Operasional Prosedur (SOP) Mahkamah Agung Republik Indonesia.
Berikut merupakan Standar Operasional Prosedur (SOP) pada bagian Kesekretariatan yakni Umum dan Keuangan :
01._sop_pengelolaan_surat_masuk
02._sop_pengelolaan_surat_keluar
03.sop_penunjukan_penghunian_rumah_dinas
04._sop_pengelolaan_aplikasi_persediaan
05_sop_permintaan_barang_barang_atk
06._sop_pengelolaan_aplikasi_simak-bmn
07._sop_pelaporan_aplikasi_persediaan_persemester_atau_pertahun
08._sop_pelaporan_aplikasi_simak_-_bmn_persemester_dan_pertahun
09._sop_perawatan_dan_pemeliharaan_sarana_dan_prasarana
11._sop_pengelolaan_perpustakaan
13._sop_penyusunan_tugas_pengamanan_&_kebersihan
14._sop_pengadaan_barang_dan_jasa
15._sop_pengelolaan_administrasi_keuangan_(specimen_ttd)
16._sop_penanganan_surat_masuk
17._sop_penanganan_surat_keluar
18._sop_pengelolaan_adminsitrasi_keuangan_(pembuatan_kips)
19._sop_pengelolaan_administrasi_keuangan_(pembuatan_rencana_penarikan_dana)
20._sop_pengajuan_uang_persediaan
21._penerbitan_spp-ls_untuk_belanja_pegawai_(gaji_induk)
22._penerbitan_spp-ls_untuk_belanja_pegawain_(uang_lembur)
23._penerbitan_spp-ls_untuk_belanja_pegawain_(uang_makan)
24._sop_tugas_kebersihan_kantor
25._sop_pembuatan_laporan_keuangan
26._sop_pembuatan_laporan_realisasi_anggaran
28._sop_penerbitan_spp-ls_belanja_modal
29._sop_pencairan_honor_piket_posbakum
30._sop_pencairan_uang_persediaan
31._sop_pengelolaan_keuangan_negara_bendahara_pengeluaraan
32._sop_pertanggungjawaban_tunjangan_khusus_kinerja
34._sop_pengelolaan_parkir_kendaraan
35._sop_tugas_pengamanan_kantor
36.sop_pengelolaan_parkir_kendaraan
38._sop_ptsp_umum_dan_keuangan