Standar Operasional Prosedur (SOP) atau Prosedur Tetap (Protap) adalah serangkaian instruksi tertulis yang dibakukan dan didokumentasikan dan aktivitas rutin dan berulang yang dilakukan oleh Suatu Organisasi. Dalam Standar Operasional Prosedur ini ditetapkan apa yang harus dilakukan, bagaimana, kapan, dimana dan Siapa yang melakukan setiap aktivitas.
Standar Operasional Prosedur (SOP) dibuat untuk menghindari terjadinya variasi dalam proses pelaksanaan kegiatan oleh pegawai yang akan menghambat kinerja organisasi secara keseluruhan.
Standar Operasional Prosedur (SOP) ini disusun dan dilaksanakan sesuai dengan Prosedur Kerja dan Administrasi Peradilan sehingga prosedur yang ditetapkan pada masing-masing bidang saling berkaitan bahkan berkaitan dengan Standar Operasional Prosedur (SOP) Pengadilan Tinggi Jayapura dan Standar Operasional Prosedur (SOP) Mahkamah Agung Republik Indonesia.
Berikut merupakan Standar Operasional Prosedur (SOP) pada bagian Panitera Pengganti yakni :
01._persidangan_perkara_pidana_biasa_anak
02._persidangan_perkara_pidana_cepat_ringan
03._persidangan_perkara_pidana_cepat_lalu_lintas
04._persidangan_perkara_pra_peradilan
